Theo khoản 5, Điều 10 Nghị quyết 226/2025/QH15, doanh nghiệp trong Khu Thương mại tự do được hưởng những ưu đãi gì về tiền thuê đất và thuế như sau:

-  Các dự án đầu tư trong Khu TMTD được miễn toàn bộ tiền thuê đất, thuê mặt nước cho cả thời hạn thuê, trừ các dự án xây dựng nhà ở, dự án trên đất thương mại, dịch vụ;

- Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng phát sinh tại địa bàn Khu TMTD thuộc ngành, nghề, lĩnh vực quy định tại điểm a khoản 1 Điều 10 của Nghị quyết này được áp dụng mức thuế thu nhập doanh nghiệp 10% trong 30 năm, miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo; sau thời hạn ưu đãi được áp dụng thuế suất 15%.

Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng phát sinh tại địa bàn Khu TMTD không thuộc ngành, nghề, lĩnh vực quy định tại điểm a khoản 1 Điều 10 của Nghị quyết này được áp dụng mức thuế thu nhập doanh nghiệp 10% trong 15 năm miễn thuế 04 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 09 năm tiếp theo; sau thời hạn ưu đãi được áp dụng thuế suất 15%.

Việc xác định thời điểm áp dụng thuế suất ưu đãi, thời điểm được miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại khoản này thực hiện theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp;

- Doanh nghiệp được tính vào chi phí được trừ để xác định thu nhập chịu thuế đối với hoạt động nghiên cứu và phát triển (R&D) bằng 200% chi phí thực tế của hoạt động này khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp. Chi phí nghiên cứu và phát triển (R&D) thực tế được xác định theo quy định của pháp luật về kế toán;

- Đối với các khu chức năng thuộc Khu TMTD đáp ứng điều kiện khu phi thuế quan theo quy định của pháp luật:

Hàng hóa, dịch vụ mua bán, trao đổi giữa các khu chức năng, giữa nước ngoài với các khu chức năng, giữa các khu chức năng với khu phi thuế quan hoặc với các khu chức năng thuộc Khu TMTD khác đáp ứng điều kiện khu phi thuế quan được áp dụng chính sách thuế như khu phi thuế quan theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt, Luật Thuế giá trị gia tăng. Quan hệ mua bán, trao đổi hàng hóa, dịch vụ giữa khu chức năng trong Khu TMTD đáp ứng điều kiện khu phi thuế quan với khu vực bên ngoài trừ Khu TMTD khác là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu theo quy định của pháp luật về hải quan, thuế và xuất khẩu, nhập khẩu.